Il BBT è costituito da un complesso sistema di gallerie:
Il tunnel esplorativo continuerà a essere utilizzato anche dopo la conclusione dei lavori e l'entrata in servizio del BBT, per la gestione delle acque e la manutenzione degli impianti.
Le gallerie di accesso laterali di Ampass, Ahrental, Wolf presso Steinach am Brenner e Mules collegano il BBT al mondo esterno.
Ogni 333 metri, lungo il percorso delle due gallerie principali, è presente un bypass che le connette.
In caso di eventi imprevisti, i treni possono fermarsi in apposite fermate d’emergenza sotterranee (Innsbruck, St. Jodok, Trens).
Qui un treno può cambiare binario in caso di necessità.
La scelta del metodo di avanzamento dipende dalla composizione geologica della montagna, dalle conoscenze geotecniche e dalle previsioni, nonché da considerazioni logistiche ed economiche relative alla costruzione. Anche la lunghezza del tratto da scavare e il tempo di costruzione disponibile influenzano la scelta del metodo di avanzamento.
Alcuni tratti del tunnel vengono realizzati con il metodo tradizionale, mediante avanzamento con esplosivo, mentre altri con metodo meccanizzato, ossia con una macchina perforatrice (TBM).
L'avanzamento con scavo tradizionale è un metodo flessibile, adatto a condizioni geologiche difficili e variabili, nonché a geometrie di sezione trasversale diverse e complesse. I passaggi nel processo di scavo con esplosivo sono ben definiti. Inizialmente vengono perforati i fori per le esplosioni, che vengono successivamente riempiti con esplosivo e fatti detonare. Dopo il trasporto del materiale di scavo, si procede alla messa in sicurezza della galleria con calcestruzzo proiettato, ancoraggi, arcate di rete e reti metalliche. Una volta completato il ciclo di esplosione, il processo riprende da capo.
Le frese meccaniche (TBM) sono i nostri "giganti della montagna". Avanzano nella roccia e mettono in sicurezza la struttura grezza con ancoraggi, reti di armatura e calcestruzzo proiettato, oppure mediante l'installazione di elementi prefabbricati in calcestruzzo, i cosiddetti conci. Il vantaggio dello scavo meccanizzato sta nell'elevata resa giornaliera. La parte più importante della TBM è certamente la testa fresante. Questa ha un diametro di diversi metri ed è composta da numerosi dischi d’acciaio, detti cutter, che premono sulla roccia frantumandola in piccoli pezzi. La struttura di supporto dietro la testa fresante garantisce l'approvvigionamento dello scavo e lo smaltimento del materiale di risulta. Inoltre, include dispositivi per la messa in sicurezza della roccia, la ventilazione e la depolverizzazione.